自1881年的大修后，神清观基本上延续了这次整修后的建筑格局，据民国最后一任道士周培明的回忆所勾勒出的民国末期神清观建筑格局来看，除了建筑的名字和功用可能略有变化外，整个的建筑架构基本没有变化。民国开始后，由于政局的动荡导致整个基础社会的贫穷，所以在这期间出家的道士，大多是因为贫穷吃不上饭。此时的出家道士大都为生活所迫，或文盲或识字不多，借道门为苟全性命而已。曾接受调查的昆嵛山著名宫观的末代四位道人，均因自幼家贫，家长为孩子活命，无奈之下出家当了道士。她们靠道长抚养教诲，学识字，诵经书，有的学乐器，有的学医术。虽然如此，但不少的道观依靠庙产仍然可以维持其生存。无论岳姑殿还是神清观，都有道士在道观内进行正常的宗教活动。经历了几百年的岳姑殿庙会在进入民国后由于大环境的低迷，也呈逐渐萎缩凋零之态，

在利用寺庙宫观办学的风气影响下，昆嵛山里的一些庵观如五峰庵也成为山里孩子们上学受教育的一个场所。抗战开始后，由于正常的经济活动遭破坏和社会秩序被打乱，道观的生活才逐渐变得更为艰难。由于昆嵛山地处偏远，所以一直到日本军队进入胶东，昆嵛山的神清观、九龙庙、岳姑殿等道观仍然能够维持其生存。就目前所掌握的情况来看，无论日本人、还是伪军、抑或是地方的各种武装，都没有对昆嵛山的道观造成大的破坏，甚至比较大的干扰也很少发生。由于昆嵛山是共产党控制比较早的地区，所以对这些道观的住持道士，大多采取劝退的方式，使其离开道观，回归社会。但这些道士大多并不愿意离开他们生活的道观，所以很多道士的还俗经历了一个反复的过程。九龙庙里面的道士甚至一直到上个世纪七十年代仍然居住在庙里面，并一直拒绝周围的百姓到原属于庙产的山峦中打草拾材。由于这些道士大多有一技之长，回归社会后，有的当了医生，有的当了教师，也有的回家种地，自谋出路。庙产有的被林场使用，有的荒芜闲置，其中的神像、书籍等物品也随之星散。抗战期间，昆嵛山中一些庵观里的龙王铜像等也被共产党的兵工厂收缴，成为制造各种武器的原材料，一些房屋由于没有人看守，后来就逐渐荒芜，或变作他用。1946 ～ 1947 年，在中国共产党领导下，昆嵛山区普遍实行土地改革，寺庙的庙产都归公，分配给无地少地的农民，还俗的僧道也成家，分得房子和土地，昆嵛山区的佛、道活动彻底停止。少数信奉者，在自家设位敬佛敬道，丧事出大殡、作法事的逐绝迹。1949 年中华人民共和国建立后，道士出家情况基本被杜绝，昆嵛山的这些道观中没有职业道士在活动，建筑被行政单位或部队占用。文革开始后，宗教建筑开始遭到毁坏，神清观、岳姑殿的建筑都是在这一时期遭到有组织毁坏的。上个世纪八十年代后，国家宗教政策逐渐宽松，进入九十年代后，一些有宗教信仰的个人开始张罗着进行烟霞洞和神清观的复建，政府的各级各部门也开始谋划对昆嵛山神清观的重建。1998 年，神清观至烟霞洞的石阶路、烟霞洞王重阳及七真塑像及七真坟在新加坡华侨王永元先生的赞助下完工。2006 年前后，在海内外人士的赞助下，昆嵛山神清观开始在原址重建，2008年 4 月 28 日，神清观落成及开光大典举行，神清观被上级有关部门批准为国家正式的宗教活动场所，这也是昆嵛山林场管辖范围内第一所具有正式资质的宗教活动场所。

补注：神清观历代主持在《重修神清宫记》碑的碑阴题刻中，隐约可见篆书“神清宫流派图”，由此可知，此碑的碑阴文字当为记录神清宫1258 年之前，历代主持道长、道人和管理人员的记录。可惜下面的字迹，由于当时碑石的刻工较浅，又经约八百年的风雨剥蚀，现已完全不可辨认，虽征询国内外诸多文物修复专家，亦无法复原或辨识。现根据神清观所存历代碑刻的记载，将已知的神清观历代主持及相关道人按时间顺序排列如下  ：

1169（己丑）年——空虚子尹庵主（见《 重修神清宫记 》碑）

1214（贞祐二年 ）—— 文山通玄大师王志兴（见《重修神清宫记》碑）

1242（壬寅）～1250（庚戌）年——主持：冲虚大师李志弱、葆光大师姜志程，提点：悟囗大师孟公 、通真大师霍公 、超然大师赵囗囗（见 《 重 修神清宫记》碑）

1294（马儿年）～1314 年——宁海州道正宫门提点静渊明德大师孙道衍（见《马儿年令旨碑》、《黄县栾氏刻烟霞洞七真像》碑）1328（泰定五年）年 ——提举林道润（见《唐四仙姑石龛碑》）

1436～1450（正统）年——宫提点、提举吕知一（见《唐四仙姑石龛碑》）

1683（康熙二十二年）——住持道士齐合童（见《官山至界》碑）

1832年——住持道士于龙溪（见《重修烟霞洞天三殿记》）

1839～1854年——住持道人于明兴、徒孙志道（见《重修烟霞洞神清宫记》碑）

1881（光绪七年）年——主持：孙志道、道徒：王兰堂、许允升、孔庆翥、杨修田、于沧澜、王伯方、孔繁洁，募化道纳：孔宗仁、杜理纯、张理正、张炜堂、吕凤淇、姜升阶、吕肇、张鸿序、刘英奎、常琦运、孙土元、张瑞倩、杨若□、李萃吉、孙橘堂、李□、王谟、李遵。（见《重修烟霞洞七真庙及五真人洞增修东西官厅六间碑》）

1923 年（民国十三年）——孙高起（周培明口述）

1936 年（民国二十六年）——宫嗣海（周培明口述）

1941 年（民国三十一年）——周培明（周培明口述）

2008 年——神清观监院龚清泰