明清时期全真教的发展步入了一个新的发展时期，一方面政府对全真教的扶持虽然不如金元时期，但总的来说，全真教在民间的大发展却是金元时期所不可比拟的，各种神仙谱系开始建立比较完整的体系。除了明皇室大力推崇的真武大帝、文昌帝君，著名的“八仙”也在明人吴元泰的小说《东游记》在被固定下来，关羽地位的升级也是在明代中后期得以最终确立。自明嘉靖、万历皇帝将关羽封为“协天护国忠义帝”“神威远镇天尊关圣帝君”以来，武将关羽摇身一变为道教尊神，老百姓则将他奉为财神、武神，中国许多地方都立有他的庙宇。中国历史上的许多武将、诗人、工匠、画家均在这一时期被纳入道教神系，各行各业还出现了行业神。如木工拜鲁班，药商拜孙思邈……，在这种浓厚的道教氛围影响下，明代的神魔小说极为发达。出现了《封神演义》、《西游记》这样的经典名著。尤其是《封神演义》，将中国历代流传的道教神仙做了一个大梳理，以通俗文学的形式影响了一代代中国人。而《封神演义》的真正作者则是明代的道士陆西星。明清两代的君主对道教采取了利用和检束并用的政策，一方面优待其头目人物和重要宫观，另一方面又适时地控制，使其不超越政府控制的范围。其时驰时紧的宗教法令，其实很多时候并没有贯彻到基层，民间的各种神祗膜拜甚至以国家颁赐的形式被纳入道教神灵体系，这也体现了道教扩展影响的另一种方式。故而明清两代反成为中国道教的一个特殊发展时期，明代的全真教经过金元两代二百多年的发展，分宗衍派，各立教团。今天我们知道的全真七派，虽然在元代末初露端倪，但真正完成各自的教团独立以及谱系的划分，却是在明代得以最终完成。到了明代后期，全真龙门一派更是枝繁叶茂，其下的分支别脉，遍布全国各地，如同佛教昌隆的临济宗一样，故有临济龙门半天下”之谓。在教义教理方面的梳理和体系化建设更趋完善，各种斋醮科仪的扩充和程式化，一时蔚为大观。

神清观在明代遗留的碑石文物不如金元时期丰富，主要的原因是政府及地方官员所给予的支持力度相对减少。据碑文记载，神清观在洪武六年（1373 年），有过一次相当规模的重修，当时的兵部郎中刘崧曾为此专门撰文描述了此次重修后的景色之美：“观中亭舍幽敞，林泉环绕，银杏枯槐，树大数抱，皆金元间物也。”这次重修的原因可能是因为元明改朝换代时，神清观被兵火波及毁损所致。明代的第二次重修发生在正统（或正德）年间 。在明代的碑刻中有一通《敕颁藏经玺诏》比较引人瞩目。此碑为万历三十九年（1611 年），朝廷向全国各大道教名山广颁《道大藏经》，其中昆嵛山获颁一部，共计五千四百八十五卷，由神清宫和玉虚观各领半部，这通碑刻就是记载这一事件的。这次向昆嵛山敕颁道藏的行为，表明当时的昆嵛山在诸多道教名山中仍然是比较有影响和受重视的，同时，也说明神清宫和玉虚观是昆嵛山地区名声最为显赫的两座宫观。此次颁赠的这些经卷一直到上个世纪四十年代神清宫的最后一任道长离开时，仍然完好地保存在大殿内。清代最早的一块碑刻为《官山至界》碑，其中记载了一位名字叫齐合童的道士在康熙二十二年（1683 年），为了保护神清宫的山峦田产地界，与当地各种势力抗争的过程。碑文的行文简俗直白，语气中充满了愤懑、不平和剑拔弩张的气氛。可以看出，在改朝换代后的清早期，神清宫仍然没有从战乱时期恢复过来，住观的住持道士仍然在困苦中艰难度日，在与各方势力的争斗中明显处于劣势。从后续碑文史料的记载中可以看到，这种情势不久就有了根本的改观。但这种改观的背后也使得有些不法之徒混入道门，这些极少数的道徒，不守清规，称霸作恶，败坏全真门风。据载，乾隆四年（1739 年），昆嵛山烟霞洞李姓道士招聚匪徒党羽，在庙中开设赌局，诱乡民赌博，巧设机谋，以成暴富。他在山中强占田地、山峦万余亩，雇用打手巡逻，伺机行劫。山之周围，私划界限，乡民误入其中拾柴搂草，被捉住即打断手足，前任州官明知而不敢过问。后宁海知州李湖到任，趁其不备，将李道士与其同党拿住，经审讯后发往边疆予守边人为奴。咸丰四年（1854 年），神清宫的住持道人于明兴和徒弟孙志道，为重修神清宫风尘仆仆，四处奔走化缘。经过数年的化缘积累，终于在道光十九年（1839 年），将神清宫的正殿、山门、法堂，及清风亭等建筑恢复一新，这也是神清宫有记载的第五次规模较大的整修。从碑阴所刻的众多功德主中可以看到，于明兴、孙志道师徒二人募化的行程之广遍布东北及长江以南的广大地区。到了四十余年后的光绪七年（1881年），神清宫的道士们又对七真庙和五真人洞进行了重修，并同时扩建了东西官厅六间。这次重修后的神清宫殿宇规模比以前又有所扩大，呈现出一派崭新的景象。从记载这次重修的《重修烟霞洞七真庙及五真人洞增修东西官厅六间碑》碑文中可以看出，此次重修化缘的功德主名单中与道光年间不同的是，此次化缘的对象不再以商号为主，各地的地方官员捐款成为了此次重修扩建的主要资金来源。据碑阴所载，此次参入外出募捐的道士有十八位之多， 捐款合计银两988两，其中来自河南的两位官员，占了捐款额的大部分。至清末，神清观建筑中的各项设施已相对比较完备，道士的数量也较之前的各个时期为多，而且有很多分支旁出，分布在昆嵛山的南北两侧。如神清观下面的庄头庙、龙涧庵，都是烟霞洞神清观一派的直系。2009 年，无染寺周围的农田中发现了一块道士羽化墓碑，题额“烟霞遗枝”，显示这位在 1823 年（道光癸未）去世，道号“刘本隆”的道士，是从烟霞洞神清观龙门派一枝分出来的。这说明在清代后期，烟霞洞神清观龙门派在昆嵛山地区的分布还是比较广泛的，而且它能够在佛教寺院分布较多的无染院、广济院附近落脚，说明神清宫龙门一派的影响力也是很大的  。

          在明清两代，不但神清观香火旺盛，而且昆嵛山周围各地的全真教道观都呈现比较好的发展态势。这其中最为引人瞩目的是岳姑殿的岳姑文化崇祀，达到了前所未有的状态。伴随着岳姑庙会的兴盛，吸引着各阶层的人们前来游览、登临、祭拜，山上山下布满了各种建筑和碑刻题记。这些碑刻题记中大部分以茶会、女会、女社、会首、村会首等名义出现，体现了旧时农村民间宗教文化活动和戏乐活动的自治能力和管理水平。它不但是农村不同村庄、不同组织之间话语权的一次展示， 也是本村、本组织的影响力、公信力、经济实力、文化权力强弱的一次展演。由于大环境的影响，这时即便在昆嵛山的深山里，也到处是龙王庙、关公庙、三官殿等民间宗教神祗崇拜。这其中尤以九龙池的龙王庙求雨祭祀最有影响，九龙池也成为昆嵛山一带公认的龙王降临之地。目前我们能够知道的昆嵛山最早的龙王祭祀传说始自明代，有资料显示，至清代中晚期，九龙池的龙王庙已成为昆嵛山周围龙王祭祀的中心，昆嵛山周围很多龙王庙里的龙王牌位平日都存放在九龙庙中，需要的时候派人来龙王庙取回，求雨完毕后则重新归放在龙王庙中，显示了九龙庙在当地民众求雨祭祀时的重要地位