元代，昆嵛山的全真教也随着外部政治、文化大环境的变化而达到鼎盛，其突出标志是对元政府对全真教各位宗师的褒赠。至元六年（1269 年），应全真教大宗师张志敬的请求，元世祖忽必烈降诏褒赠全真教五祖七真以尊号，这是元皇室第一次大规模追封全真教列代祖师，标志着全真教的宗祖传承谱系首次得到皇室的认可。至大三年（1310 年），应全真教大宗师苗道一的吁请，元武宗又再次追加全真宗师以封号。此次追赠不仅范围较至元诏有所扩大，即由五祖七真扩大为五祖、七真、十八大士，而且所赠封号亦较前诏为荣显。不但东华帝君升格为八字大帝君，正阳、纯阳、海蟾、重阳均由六字真君晋升为八字帝君。七真亦由六字真人升为八字真君。十八大士则一律升封为真人。与这两次事件对应的则是神清观的两块令旨碑：1294 年马儿年令旨碑和 1310 年狗儿年令旨碑，这也是昆嵛山地区目前仅有的两块令旨碑。（元代皇室中，王一级的官员所颁布的指令文件统称为令旨。）根据碑文的解读可以知道，马儿年的令旨碑是由当时的哈鲁罕大王为保护烟霞洞、神清观专门发布的一道命令，行文格式相当于今天的政府保护通告。在这道令旨中，我们第一次见到了“大昆嵛山东祖庭”的提法。这也是目前为止能够看到的元代政府对昆嵛山烟霞洞、神清观的最尊崇的称名。说明至少在元代忽必烈执政的至元年间，昆嵛山烟霞洞和神清观就被尊为全真派的东祖庭。通常我们认为，只有陕西的重阳宫和北京的白云观可以成为祖庭，之前已经公开的史料中也没有见到对昆嵛山烟霞洞和神清观的特别尊称，但这通马儿年令旨碑向我们第一次提供了确凿无疑的证据，证明当年的烟霞洞、神清观的地位是非常高的，是受元政府特别保护的全真教祖庭宫观。碑文中的记载还显示，当时同属神清观管辖的石人埠、益都府清阳观（1232 年重修神清宫时的别创置业）也一并纳入此通告的保护范围。值得注意的是，该碑文的行文措辞非常严厉，含有明显的警告威慑口吻，这似乎表明之前的烟霞洞、神清观曾受到某种外力的侵扰。通过对此令旨碑的解读我们还得知，当时的神清观住持是一位被尊称静渊明德大师、教职为道正、道号为孙道衍的人。狗儿年的令旨碑则是一道专旨，内容是宁海王亦思马因为褒赠唐四仙姑为“寓真资化顺道真人 ”而特别颁布的，其缘由是她与丘处机及全真道的特殊关系。这道令旨的内容很简明，只传达了一个内容，就是宁海王亦思马因准予褒赠唐四仙姑“寓真资化顺道真人”。对此，亦思马因给出了三条理由：一是唐四仙姑德高行真；二是神清宫、丘处机在全真教中的崇高地位；三是唐四仙姑与神清宫、丘处机的渊源。令旨中提到的唐四仙姑原名唐守明，是一位牟平籍、年龄大约在二十多岁的女子。她在金正隆年间（1156 ～ 1161 年）出家来到昆嵛山烟霞山中修行。从石龛所载的传纪中可以看出，当时她在烟霞山出家修行的独居生活还是很艰苦的，但她并不以这一切为苦，恬然处之，而且很快修行有成，赢得了人们对她的尊敬。由于在家中行四，故被称为唐四仙姑，并被广泛传诵。大定六年（1166 年），丘处机从栖霞来到昆嵛山寻找出家修行的师父，在闻知唐四仙姑的大名后，便来到烟霞山唐四仙姑的住所，希望唐四仙姑能够收他为徒，出家修行。但唐四仙姑并没有收留她，而是告诉丘处机，他的师父另有其人，而且不久就将到来，并向丘处机具体描述了这位自西而来的师父相貌。其后丘处机也正是根据唐四仙姑的这一前知指点，找到了来此传教的王重阳祖师。也正是这一段因缘，为她以后获赠褒奖打下了基础。

根据碑文的记载我们还可以推测，唐四仙姑出家所居的茅庵，也可能就在今天的神清观附近。元代为唐四仙姑撰写碑文的鞠孝恭就认为，神清观就是最初在唐四仙姑的旧庵基础上逐渐发展而来的。唐四仙姑去世的时间是在 1166 ～ 1167 年间，去世后由丘处机等人将其安厝（停棺待葬）在烟霞山的一个山洞里（今天的唐四仙姑洞），一直到160余年后的1327年（泰定四年），也就是狗儿年的褒赠令旨过去18年后，才由刚到任述职的山东宣慰同知泰不花牵头号召，并由东华宫提点耿道清和神清宫提举林道润负责，开始了唐四仙姑安葬工程 。修建坟龛的资金是由泰不花率领一些下属及部门官员捐赠的，总计为白银一千五百两。耿道清和林道润将坟龛的位置选择在神清观东侧的清风岭上。在石龛（石庙）修成后，他们郑重地将唐四仙姑的遗骸从岩穴中取出，放置在石龛下，并在旁边修了一座纪念小庙，里面立有当地著名翰林鞠孝恭应耿道清等人所请而写的碑铭石刻。这次修建的工程规模虽然不大，但从今存的唐四仙姑石龛碑石遗存来看，当时参入的各方人员却不下几百人之多，不但有石工，而且有木匠，不但有昆嵛山周围的中产富户和道门善信，也有很多的地方官员，而且远在江南的嘉兴、无锡、吴江、平江、镇江等地，均有人员参入。更为引人瞩目的是当时南方正一教的第三十九代掌教张嗣成和北方道教的最高领导人苗道一都赫然在列。这说明此次为唐四仙姑迁葬活动其波及面和参入人员的层次都是很广、很高的，也说明了当时昆嵛山作为全真教的东祖庭在全国还是有相当影响力的。

唐四仙姑石庙在上个世纪四十年代以前，还能够看到其大体建筑规制，六七十年代在靠近基址附近修建林场管护房后，就只剩下残碑断石。如今这些残碑被收集保存在神清观内。因泰不花等人捐赠的一千五百两白银的费用在唐四仙姑石庙修建中没有用完，而此时恰好他们还了解到在唐四仙姑坟南八里的山坳里，还有一位金代蒋姓真人的遗骸也暴露在岩穴中没有安葬，所以耿道清便与众人商量，在唐四仙姑石龛完工后，利用所剩的银两，在致和元年（1328年）五月，把清风庵的蒋公石龛也一并修建起来，安葬了这位一百多年前在昆嵛山隐修的道人。这位蒋公也和唐四仙姑一样是一位去世后安厝在石洞中修真之士。根据清风庵的摩崖石刻可以知道，这位蒋公是一位生活在金代早期（不晚于大定癸巳——1173 年），居住在昆嵛山中的一位修行人。死后便安厝在他修行之地的一个石洞中，后来这个石洞便被称为蒋公洞。从摩崖石刻的文字解读可以知道，这次蒋公石龛修建的主持人仍然是耿道清，参入人员也是唐四仙姑石龛修建的原班人马。从清风庵石龛遗址的现场看，石龛是建在一个一人多高的石台上，体量  很大，所耗的人力物力都不比唐四仙姑石龛小。

在这两次石龛修建稍早的 1314 年（元祐四年）前后，烟霞洞里面也第一次有了七真塑像。为七真石刻塑像的是一位居住在莱州栾家庄的一位笃信道教的大户青年栾实。在此之前，栾实曾来到心中向往的烟霞洞祭拜七真祖师，看到洞中空泛寂寥，仙人不知去向，不免心中暗生感伤。下山返回故里后，便与父兄等人商量，共同发心捐资，雕刻了七尊汉白玉七真人像置于洞中，希望供后人瞻仰礼拜 。在七真石像安放完毕后，栾实也是特请本地著名文人——元代翰林、州儒学教授鞠孝恭为之撰写碑文，并由当时神清宫当家道士孙道衍书丹，刻石纪念。从碑文中可知，当时除了栾实父兄和儿子参入外，莱州（黄县）当地的一些道人也参入了此事。至今这块《黄县栾氏刻烟霞洞七真像》碑仍然立在烟霞洞口旁。通过对唐四仙姑石龛和蒋公洞石龛的修建以及烟霞洞七真石像的刻制供奉可以知道，至元代末期，昆嵛山地区的全真教仍然处于政府的有力支持和保护之下，当地的官员不但对现有的宫观给予有力的保护，而且通过对元代之前在昆嵛山修真道士遗骸的厚葬、祖师石像的塑刻供奉，体现出政府和地方基层民众对全真教的真心拥戴。可以说，全真教在元代的发展，虽然在个别时期因帝王的更替及与佛教的摩擦而受到政策方面一些短暂的限制外，总的来说，全真教在元代基本保持了良好的发展态势。除了帝王的尊崇及行省、万户一级诸侯的保护赞勷，各地的太守、县令一级的官员和很多富绅也积极跟随，加入全真教的信仰组织。从目前在昆嵛山所保留的碑刻遗址情况看，属于金元时期的为最多。另据岳姑山上的碑文记载，山下坡里庙的始建年代为大元至元丁丑年，即公元 1277 年，并且是宁海州主要负责人李友直亲自劝捐募化的。如今的坡里庙主建筑仍然有元明清三代整修后留下的痕迹。坡里庙是姑余山下唯一的、附属建筑（三清殿、关公庙、三官庙等）比较多的大庙，也是自明代开始，一直延续到民国末期的岳姑殿庙会的核心区域。