昆嵛山道教的历史遗址遗迹主要以全真派为主，而这些历史遗迹特别是碑刻，主要集中在神清观（烟霞洞），所以本文主要以神清观（烟霞洞）为主要线索，概述昆嵛山全真教的产生及发展史。金大定七年（1167年）夏，王重阳东行抵宁海，于范泽之侄范明叔之南园怡老亭与马钰等人相会，并陆续在此收郝大通、谭处端、丘处机、马钰等人为徒。马邀重阳到自家做客，于自家南园建庵为其居，重阳题庵额为“全真”。“全真”之名，盖始于此。自此，王重阳在宁海名声大振。

大定八年（1168 年）二月末，重阳带领丘、谭、马、王四弟子到昆嵛山，开辟烟霞洞。在烟霞洞，重阳有两大任务：教化训练入门弟子、全真骨干；接待来访信众，解难答疑。除马钰、谭处端、丘处机、王玉阳、郝大通几大弟子到烟霞洞拜师修行外，很多人也加入门人行列。如马丹阳奉养的道士陆仙也到过烟霞洞，张德昭的儿子，十六岁的小张哥，也曾在烟霞洞接受重阳教诲；有位唐某，重阳曾将其与谭长真并称。一段时间内，烟霞洞周围有近十位弟子在此起居。按神清观碑文记载，在王重阳来之前，烟霞洞被埋在乱石荆棘丛中，不见洞口，是王重阳根据其前世的记忆才找到挖开的。王重阳初进昆嵛山，由于烟霞洞内部空间狭小，不足以维持日常起居，便进入石门峪，在石门内建草庵居住。后又在今神清观址处建道庵，供师徒数人生活起居用。这样，烟霞洞及神清观所在的烟霞山就成为王重阳在昆嵛建立的第一个全真教住山修行之所。

烟霞山海拔372 米，因烟霞洞而得名，烟霞洞的洞口南东向，额刻“烟霞”二字。洞内东壁刻“烟霞洞”三大字，字径 45 厘米，古朴厚重。内外刻字均较早，但系何人所书，已难考。洞壁上还有残留其他游者留题刻字，如“大元元统”等字样，有墨书诗文已难辨认。洞内呈椭圆，最高处3米，最宽处4米，进深7米。西北角原有小洞。原洞底系自然斜坡，愈上愈窄。元延祐四年（1317 年），莱州栾家庄一位叫栾实的青年率亲友捐资刻七真石像安放于洞中。1966 年“文化大革命”之前，石像头已被砸掉，石像残身掀入洞外的山沟里。1997年前后，昆嵛山林场开发旅游景点，将洞底加深修整。1998年6月，七真之一孙不二的二十三代弟子、新加坡华裔王永元先生捐资重刻七真石像，安放于洞中。旧石像残身现存于神清观钟鼓楼内。

据史料记载，在神清观建观之前，此地曾经有一位号彭城、名刘吉的人，于金贞元元年（1153 年）在此建庵。金正隆年间（1156 ～ 1161 年），在昆嵛山修炼的女道士唐四仙姑曾来此修行，因“修炼精专，深造玄玄之妙”，人们“大加敬奉，遂以仙姑称之”。当时家住栖霞县的丘处机“闻姑之名，特来拜师问修行之要。唐四仙姑答曰：‘汝毋吾问，异人从西不久而至，乃汝师也’。且道其状貌”。这说明在王重阳来昆嵛山传道之前，昆嵛山已经有不少道士在此修行，像唐四仙姑这样的女道士早已名声在外。大定八年（1168 年）八月，王重阳率众弟子离开烟霞山到文登立会传道，其在烟霞山所建庵所由一位道号空虚子的尹姓庵主负责管理。到明昌初年（1190 年），已经接任全真教掌教的刘处玄路过昆嵛山时，将此庵命名为全道庵。这也是王重阳祖师所建的居所第一次有了正式的名称。泰和六年（1206 年），已经接任全真教第四代掌教的丘处机自栖霞太虚宫来牟平及昆嵛山。此行他不但将牟平城南范园内马钰居住过的庵所请额为玄都观，而且也将昆嵛山的全道庵改庵为观，这是神清观第一次有了正式合法的名称。玄都观升庵为观是丘处机令其门人邱志坚出面花钱办理的，神清观的第一次升庵为观也是按政府的规定向朝廷有关部门交钱办理的。当时金朝对宫观的管理审批还是有限制的，不是交了钱资质就可以审批办理出来，或许丘处机的影响和信誉在这其中起到了很大的作用。

至金贞祐年，昆嵛山的全真教在金朝政府的大力支持下，山中宫观林立、道徒众多，昆嵛山方圆百里已经形成了一个几可与南方龙虎山相比的北方“道都”。贞祐二年（1214 年），丘处机在外出云游二十多年后，重返昆嵛山看到这番兴盛的景象，心里感到特别兴奋，写下了《神清观十六绝诗（并序）》，在序中，特别对烟霞山的各个名胜之处进行了命名，并命石工雕刻其上，如今山上的“道山”“清风”“明月”“采芝”等石刻可能就是当时的遗迹。但刻工未完，山东东部地区便发生了著名的“贞祐兵乱”。当时牟平一位叫郝仪的人，趁兵乱纠集人马来到昆嵛山，将昆嵛山中的宫观庙宇悉数焚毁。兵乱平息后，龙门派丘处机和嵛山派王玉阳的共同弟子——文山通玄大师王志兴等人，又回到神清观，开始重修殿宇斋舍。可能是由于资金方面的原因，这一重修的过程极为漫长，一直延续到元代的壬辰年（1232 年），才在一些大功德主和当地主要官员（姜房父子）的捐资和号召下，工程得以继续下去。直到 1250 年神清观升观为宫后，仍然在继续扩建，最终在元丙辰年（1256 年）春竣工落成，时间前后达四十三年，可称得上是历时漫长、规模宏大。这次重修也基本上奠定了神清观其后几百年的建筑格局。