金大定七年（公元1167年），咸阳道士王重阳自终南山东下至昆嵛山讲道阐玄，修真于烟霞洞，并收马钰、丘处机、谭处端、刘处玄、王处一、郝大通、孙不二七人为开山弟子，创立了举世闻名的道教全真教派。1153年，东牟彭城先生刘吉在烟霞洞下500米处修建一座宫观，名全道庵，后长春真人丘处机为其请额为“神清观”。金贞佑二年（1214年），宁海人郝仪聚徒攻上昆嵛山，焚烧神清观，大火熄灭后，龙门丘祖、嵛山王祖等真人的徒弟王志卒等回到昆嵛山重修殿宇斋舍，使之焕然一新。

1269年，丘处机等七位祖师被封为真人，时称“北七真人”，从此，全真道七真人正式封立，并蜚声全国，遂奉烟霞洞、神清观为祖庭。由于金、元、宋皇帝极为器重，全真道迅速发展到西北、华北各地，当时的“全真圣地”可与佛教的五台山、普陀山、落伽山，道教南宗的龙虎山相媲美。神清观建成后，地方官员派专人保护，以防破坏。1246年和1250年元朝皇太后乃马真和海迷失先后亲降懿旨，严禁人们到宫观区骚扰和侵犯。1611年（明万历三十九年），明朝廷向昆嵛山众道人敕颁《道大藏经》，神清观获颁半部，可见神清观在当时显赫的地位。直到民国初年，香火仍鼎盛。后由于连年战火，部分殿宇遭受破坏。

昆嵛山作为道教全真教派发祥地，历来受到海内外各界人士的广泛关注，祖籍牟平的香港商人——杨世杭先生，怀着对家乡深厚的感情及对宗教事业的热爱，传承道教文化，造福乡里，一次性捐助488万元用于修复重建神清观。2006年农历9月19日破土奠基，2008年4月26日（农历三月二十一日）举行开光大典，新建的神清观建筑面积680平方米，由主殿、财神殿、慈航殿、钟鼓楼和组成。主殿分设三个殿，中殿为三清殿，供奉道教最高神位元始天尊、灵宝天尊、道德天尊；右殿为五祖殿，供奉全真北五祖王玄甫、汉钟离、吕洞宾、刘海蟾、王重阳；左殿为七真殿，供奉全真七子。

昆嵛山作为全真教派的发祥地，在中国道教史上有着举足轻重的地位。重建后的神清观，将积极与国内外道教团体展开文化合作与交流，向世人展示道教的无穷魅力。